Tắc kè lùn quần đảo Virgin là một trong những loài động vật có màng ối nhỏ nhất (bao hàm 23 nghìn loài bò sát, chim và thú)[9], với kích thước trung bình tính từ đầu mõm đến lỗ huyệt là 18 mm (0,71 in) và cân nặng tối đa là 0,15 g (0,0053 oz)[10], tuy nhiên có những cá thể chỉ nặng 0,043 g (0,0015 oz) và cân nặng trung bình vào khoảng 0,117 g (0,0041 oz)[11]. Loài động vật có màng ối duy nhất được biết đến có kích thước nhỏ hơn tắc kè lùn Virgin là loài tắc kè lùn Jaragua S. ariasae với chiều dào 16 mm (0,63 in) và cân nặng tối đa là 0,14 g (0,0049 oz)[10].

Tắc kè lùn quần đảo Virgin nhỏ gần bằng với đồng 10 xu của Hoa Kỳ.[12]

Thông thường, tắc kè lùn quần đảo Virgin có màu nâu sậm ở vùng lưng và mặt trên của chân, xen kẽ với những đốm rời rạc có màu sậm hơn. Đồng thời, ở phía trước mắt, tại gốc mũi của con vật cũng có một hàng vảy sậm màu (mặc dù ở một số cá thể các vảy này không hiện rõ).[2][13][14] Ở mỗi bên thân mình và ngay phía sau mắt con vật có một vằn hẹp, rìa sậm có màu nâu vàng chạy qua thái dương và mờ dần ở gần gốc đầu. Ở vùng chẩm, phía đỉnh đầu và sau mắt có một vằn hình bầu dục, rìa sậm và cũng có màu nâu vàng chạy từ bên này qua bên kia của đầu và đôi khi dính liền với hai vằn nằm phía sau mắt. Những vảy nâu sậm ở mặt lưng chạy qua mặt bụng và mờ dần tại đó, mặc dù ở bụng vẫn còn nhiều vảy giữ được phần viền sậm. Mặt bụng có màu xám nhạt hay màu kem. Đuôi con vật gần như có màu nâu vàng với những cụm vằn ngắn màu sậm. Phần cổ có những vằn màu sậm và nhạt ở hai bên thân mình.[2][6][14]

Tắc kè lùn Virgin không có hiện tượng dị hình giới tính, điều này có nghĩa là con đực và con cái có diện mạo giống nhau[2][14]; tuy nhiên kích thước trung bình của con cái có lớn hơn con đực một chút (chiều dài từ đầu mõm đến gốc đuôi của con cái là 18 mm (0,71 in) so với con đực là 16 mm (0,63 in)[2]. Mõm của con vật có chiều dài trung bình và tù chứ không nhọn.[2][14] Đuôi của chúng cũng có thể mọc lại khi rụng.[6]

Hình chụp một con tắc kè lùn quần đảo Virgin, cho thấy một vằn màu vàng nằm ở phía sau mắt và thái dương, mờ dần khi chạy đến gốc đầu.

Vảy ở lưng con vật thường nhỏ, sắc, có sống, xếp đè lên nhau và phẳng, trong khi vùng cổ họng và ngực có sống.[2][14][15] Vảy hình tròn được tìm thấy ở đỉnh đầu và phía trước cổ, trong khi vảy ở giữa cổ thì giống như ở lưng.[2][15] Ở giữa lưng có hiện tượng vảy nhỏ bất thường và tập trung đông đúc, tuy nhiên những vảy này không có hình tròn.[2][14][15] Ở mặt trên của đuôi, vảy cũng như ở lưng, trong khi ở mặt dưới của đuôi thì vảy nhẵn trơn, hình tròn, và to dần về phía giữa đuôi.[14] Vảy mặt bụng nhìn chung tròn, nhẵn và cũng xếp đè lên nhau.[2][14][15]

Số lượng vảy ở mặt lưng tính từ nách đến háng dao động từ 30 đến 35 cái, tính trung bình ra là 32 vảy.[2][14][15] Số vảy mặt bụng nằm ở đường giữa bụng trong khoảng như trên dao động từ 20 đến 29 với con số trung bình là 28.[2][14] Số vảy ở giữa thân trung bình là 52 cái, dao động từ 50 tới 55.[2][14][15] Thông thường con vật có hai vảy mũi và 1-3 vảy giữa mũi. Có chừng 2-3 (thường là 3) vảy nằm trong phần từ môi trên đến mắt.[2][14][15] Ở ngón thứ tư của bàn chân phải, có chừng 8 hay 9 (thường là 9) tấm mỏng giúp tăng cường ma sát cho tắc kè có thể đu bám trên cây, trên tường mà không bị rớt.[14][15] Vảy ở vùng sinh dục khá nhỏ và chỉ mở rộng đến vùng đùi, có số lượng từ 3-5 vảy theo chiều dài và 11-13 vảy theo chiều ngang.[2][14][15]

So sánh với các loài tắc kè gần gũi khác

S. macrolepis trong lòng bàn tay của người đàn ông

Loài S. nicholsi ở Puerto Rico nặng hơn và to hơn tắc kè lùn quần đảo Virgin S. parthenopion, dài 20 đến 22 mm (0,8 đến 0,9 in) tính từ đầu mõm tới gốc đuôi. Kích thước vảy của con vật cũng có khác biệt, phản ánh trong việc so sánh số lượng vảy đếm được giữa 2 loài. S. nicholsi có 19-24 vảy mặt lưng tính từ nách tới háng, trong khi S. parthenopion có từ 30-35 vảy. Đồng thời S. nicholsi chỉ có 34-42 vảy ở vùng giữa cơ thể so với 50-55 vảy ở S. parthenopion, và số lượng vảy mặt lưng tính từ nách tới háng chỉ có khoảng 21-26 cái so với 26-29 cái ở S. parthenopion. S. nicholsi thông thường có 1 vảy giữa mũi so với 2 vảy thường thấy ở nhiều cá thể S. parthenopion. Vảy vùng sinh dục cũng lớn hơn ở cá thể đực của S. nicholsi. Về màu sắc, cả S. nicholsi và S. parthenopion khá giống nhau, nhưng S. nicholsi thường có những hoa văn hình lưỡi liềm ở đầu, giao thoa với những vằn ở sau mắt, trái với vằn hình bầu dục của S. parthenopion tách rời với vảy sau mắt. Đồng thời, vằn sau mắt của S. nicholsi chạy đến tận đuôi chứ không chỉ dừng dại ở cuối cổ. Vằn mặt lưng ở hai bên hông của S. nicholsi hội tụ lại với nhau hình thành một hoa văn hình chữ U hay chữ Y ở vùng chậu. Đại đa số các tắc kè S. nicholsi có hoa văn ở vùng bả vai bao hàm 2 chấm nhỏ màu nhạt bao quanh bởi vùng da màu đen.[16]

Loài tắc kè nhỏ vảy lớn S. macrolepis có kích thước lớn hơn rất nhiều so với S. parthenopion, dài 25 đến 30 mm (0,98 đến 1,18 in) tính từ đầu mõm tới gốc đuôi và cũng có vảy lớn hơn. Theo Thomas, S. macrolepis có những vằn sậm ở hai bên hông và các đốm ở mặt lưng trên màu nền nâu vàng hay nâu nhạt ở với hai đốm tròn viền đen đậm (đối với con cái) hay một cơ thể có màu vàng nâu tuyền với ít đốm tròn và vùng đầu có các vằn hình gợn sóng lăn tăn tương phản với màu nền là xám, vàng hay cam tuyền (ở con đực).[17]